Dopo l'ennesima sospensione dello studente Karma Akabane, egli viene mandato nella sezione "3°E" ovvero la sezione "END". In questa sezione è presente uno strano insegnate, soprannominato "Korosensei". Qui Karma troverà un suo vecchio amico, Nagisa Shiota. Dopo che quest'ultimo l'aveva "abbandonato" ha cominciato a perdere sempre di più le emozioni.. Riuscirà Nagisa a ritirare fuori le emozioni di karma? Come andrà a finire tra di loro? Karma gli permetterà di rientrare nel suo cuore?